Läänemere seire üldine eesmärk on hinnata looduslike ja inimtekkeliste survetegurite mõju ja ulatust Läänemere keskkonnale ja elustikule. Mereseire allprogrammi rannikumere seire osana teostatakse ka võõrliikide seiret, mille eesmärgiks on hinnata võõrliikide arvukust ning levikut ning nende mõju Läänemere ökosüsteemile. Samuti on eesmärgiks uute võimalike võõrliikide varajane tuvastamine (https://www.keskkonnaagentuur.ee/et/seire). Traditsiooniliselt põhineb võõrliikide seire isendite püügil ja vaatlusel, mille käigus morfoloogiliste tunnuste alusel määratakse proovidest liigiline koosseis, arvukus ja biomass. Töö on mahukas ja aeganõudev ning liikide täpne määramine nõuab kogemustega eksperdi oskusi. Seetõttu suudetakse traditsiooniliste seiremeetoditega vajaliku sageduse ja tihedusega katta vaid väikest osa Eesti rannikumerest. Järjest enam on hakatud traditsiooniliste seiremetoodikate kõrval välja arendama ja kasutusele võtma innovaatilisi meetodeid võõrliikide varajaseks tuvastamiseks keskkonnas. DNA-põhised meetodid liikide tuvastamiseks ja identifitseerimiseks on oluliselt suurendanud teadlaste võimekust aja- ja kulutõhusalt hinnata maismaa-, magevee- ja mereökosüsteemide bioloogilist mitmekesisust (Bruce et al., submitted). Meetodite standardiseerimiseks on rahvusvahelisel tasemel tehtud suuri pingutusi, mis võimaldavad juba praegu DNA põhiseid meetodeid integreerida tavapärastesse monitooringupragrammidesse, sealhulgas ka võõrliikide ja ohustatud liikide seiresse (Hänfling et al., 2016) Bruce et al., submitted). Näiteks on Euroopa teaduse ja tehnoloogia valdkonna koostöö programmi COST Action DNAqua-net konsortsiumi liikmete poolt väljatöötamisel DNA põhise monitooringu standardid bioloogilistele kvaliteedielementidele liitmaks need EL Veepoliitika ja EL Merestrateegia raamdirektiivi (2000/60/EÜ ja 2008/56/EÜ).