In 2012 werden restauratiewerkzaamheden uitgevoerd in de Lebuinuskerk. Bij deze werkzaamheden werd onder andere de mozaïekvloer van het hoogkoor gerestaureerd. Hiertoe werden de relatief recente tegels uit de buitenste ring verwijderd om opnieuw te worden gelegd. De ondergrond van de tegels bleek zo instabiel dat eerste de losse onderlaag bestaande uit zand en mortel moest worden verwijderd. Hiermee werd feitelijk een archeologisch vlak aangelegd op de bovenzijde van het gewelf van de crypte. Deze crypte vormt de basis van het hoogkoor. In dit vlak waren allerlei bouwfasen en bouwkundige elementen behorende bij het gewelf van de crypte te herkennen. Ook waren sporen aanwezig die mogelijk samenhingen met de inrichting van het hoogkoor. Deze bouwkundige elementen en sporen zijn door Archeologie Deventer gedocumenteerd, voordat de nieuwe vloer werd gelegd.