Data for: Mechanistic Modeling of In Vivo Translation in Escherichia coli Reliably Identifies Well-Adapted and Optimized RNA Sequences

DOI

The DaRUS repository entails and supplements the simulation data, MATLAB model and graphics for the publication: "Mechanistic Modeling of In Vivo Translation in Escherichia coli Reliably Identifies Well-Adapted and Optimized RNA Sequences"

MATLAB, R2021a

Identifier
DOI https://doi.org/10.18419/darus-4628
Metadata Access https://darus.uni-stuttgart.de/oai?verb=GetRecord&metadataPrefix=oai_datacite&identifier=doi:10.18419/darus-4628
Provenance
Creator Spindler, Jan ORCID logo; Giakissiklis, Christina; Stierle, Catharina; Buschlüter, Marc; Liebeton, Klaus ORCID logo; Siemann-Herzberg, Martin; Takors, Ralf ORCID logo
Publisher DaRUS
Contributor Takors, Ralf
Publication Year 2024
Funding Reference BMBF 031B0725
Rights info:eu-repo/semantics/openAccess
OpenAccess true
Contact Takors, Ralf (Universität Stuttgart)
Representation
Resource Type Dataset
Format text/plain; text/x-matlab; text/x-fixed-field; application/vnd.openxmlformats-officedocument.spreadsheetml.sheet; application/octet-stream; application/matlab-mat
Size 560; 2734; 472; 4287; 712; 2557; 47286; 904; 723; 57927; 4172; 21; 5588; 8405; 428; 263918; 21709; 2315511; 1570; 4709; 9558473; 1926; 10406531; 4340; 9606278; 3681; 26480175; 2028; 4649; 3540; 20421; 7332; 2499; 2524; 19761; 16542; 8655; 11157; 22329; 16350; 8086; 4314; 6560; 9338; 14836; 9302; 9646; 6000; 7643; 19398; 13672; 7902; 8344; 7709; 9959; 8604; 10629; 10804; 8789; 5071; 14693; 10273; 15270; 4184; 3094; 6254; 16885; 9057; 1958; 16993; 26323; 9490; 5833; 6589; 5956; 5503; 6614; 2357; 4361; 4402; 15884; 9948; 10016; 26121; 21707; 6004; 28108; 17651; 13175; 25540; 6833; 38299; 21988; 10390; 2291; 7331; 6230; 10153; 12814; 11841; 3868; 13343; 8825; 7710; 7151; 15849; 8043; 2743; 4411; 3714; 13897; 14484; 17628; 2720; 5326; 4906; 8908; 19113; 12358; 4578; 17231; 6076; 8517; 5454; 11012; 20555; 5911; 3253; 11969; 8317; 7323; 6359; 6432; 7181; 7164; 5036; 14087; 4497; 11723; 13863; 8531; 6036; 7510; 9127; 10566; 9255; 11367; 7389; 7408; 9837; 3083; 12601; 6848; 10826; 14780; 10873; 5613; 8770; 11151; 3443; 13152; 6346; 11757; 6997; 9175; 19978; 8968; 6832; 9007; 2228; 16733; 4579; 13770; 7958; 3346; 6812; 8594; 10132; 7599; 9219; 7929; 8112; 7793; 3389; 8062; 5444; 7787; 8762; 19695; 3179; 10720; 6680; 7887; 7782; 7008; 11959; 9461; 5752; 19658; 14766; 14858; 14000; 12040; 10174; 25994; 9213; 10929; 3875; 23127; 1715; 2929; 17627; 4550; 2915; 7142; 7158; 11110; 8265; 13070; 2989; 9296; 11607; 11271; 2957; 12458; 6387; 6440; 4534; 2377; 3335; 6657; 6731; 8218; 6122; 8848; 17167; 4226; 7573; 8641; 6064; 5300; 15608; 12473; 5283; 3538; 6248; 9717; 3804; 6702; 11023; 26067; 12140; 25541; 8967; 2984; 389; 10727; 10602; 9766; 11244; 4927; 4345; 7196; 2147; 13027; 5334; 7974; 4365; 11753; 11231; 8772; 21696; 10029; 13478; 12349; 12917; 4280; 3551; 2120; 3663; 6939; 8737; 9311; 3074; 4917; 10868; 4639; 14799; 5084; 1760; 12869; 26104; 9871; 4388; 9989; 7330; 6923; 22314; 9548; 4250; 23785; 17735; 3150; 7917; 9108; 19904; 25085; 5876; 7110; 5992; 9142; 10663; 6013; 9775; 4353; 6521; 2822; 5536; 13367; 9263; 8260; 9497; 4253; 6595; 16443; 17302; 3254; 6310; 12122; 15531; 4351; 7496; 3016; 2209; 21990; 12292; 26555; 4996; 7614; 11883; 10732; 7096; 5928; 13585; 3947; 6576; 10262; 3581; 8506; 4082; 7263; 10413; 10567; 8185; 12394; 17473; 35511; 28394; 33748; 5250; 7153; 8090; 22057; 4915; 5352; 21050; 9527; 12013; 13517; 7603; 17481; 14393; 10351; 16902; 34774; 6447; 8151; 4604; 2309; 8818; 2753; 13675; 27996; 3500; 10124; 8717; 11433; 11100; 12416; 2876; 11363; 5846; 8034; 6575; 7939; 9883; 20674; 10634; 9197; 6535; 8524; 19059; 1094; 10708; 13099; 8659; 12529; 3659; 6335; 5179; 5252; 10479; 6750; 6728; 9672; 2509; 4916; 6406; 5047; 21162; 3603; 14171; 6973; 10854; 18021; 2307; 4443; 3713; 4532; 9393; 4448; 8334; 3829; 6671; 6054; 10617; 13205; 6462; 6548; 3686; 6112; 5144; 2829; 18366; 5329; 7855; 3800; 5886; 16660; 10715; 7027; 13851; 28254; 12319; 5619; 11831; 6659; 2392; 9193; 1936; 16626; 17686; 4820; 6849; 5963; 14937; 8958; 22898; 3711; 2858; 6395; 8981; 11691; 13132; 12488; 6007; 2809; 3622; 7333; 8875; 3282; 8408; 6319; 12318; 3022; 4174; 7508; 6870; 5481; 6011; 7903; 3669; 5378; 5253; 9969; 4085; 4530; 4725; 11523; 7954; 9465; 2336; 8587; 3575; 26015; 14166; 12656; 2997; 13083; 18674; 5935; 5161; 2741; 13542; 10780; 2714; 9088; 12002; 5721; 5162; 7280; 7020; 7302; 8898; 5046; 5151; 4928; 6698; 13410; 2498; 8390; 4405; 7601; 2363; 5684; 6467; 44905; 13276; 6873; 6433; 5605; 5826; 3525; 3767; 10563; 12918; 9760; 8356; 4348; 2531; 8639; 12590; 13729; 5869; 4594; 10425; 18810; 9473; 4145; 12547; 8118; 9034; 6927; 2282; 2578; 1526; 7511; 4347; 4495; 8513; 11992; 13130; 4288; 3980; 3474; 3362; 9061; 5495; 3416; 3196; 959; 12752; 3911; 6591; 1544; 4643; 3167; 4883; 3468; 2660; 4994; 2833; 3511; 2201; 7003; 1707; 3605; 6411; 2903; 2502; 7395; 2707; 5400; 5757; 4507; 3870; 14218; 11101; 4304; 1792; 10847; 20558; 4766; 3363; 5165; 3211; 3580; 7463; 1877; 5225; 17750; 5200; 18368; 9446; 7004; 7846; 3640; 5657; 11555; 5153; 5701; 5218; 10981; 13029; 6636; 9411; 7006; 6182; 7803; 11875; 10050; 5249; 3690; 16411; 15331; 2417; 13140; 6472; 22650; 2070; 7978; 7103; 5189; 20380; 26505; 2255; 2936; 14390; 23839; 13490; 12022; 19252; 21234; 10282; 5609; 6340; 6788; 8694; 9353; 4601; 16686; 6828; 7590; 12545; 7068; 11863; 8911; 4676; 10349; 7784; 14214; 5570; 3216; 5882; 21814; 5900; 2610; 5198; 14657; 3632; 10123; 14131; 3114; 3913; 13900; 6914; 19727; 3614; 12614; 3175; 3831; 6544; 7490; 13005; 15743; 9234; 13929; 12471; 13937; 12066; 1607; 14915; 11785; 9189; 9260; 8284; 9444; 4130; 15359; 5088; 4006; 2525; 1823; 7648; 19676; 8324; 12324; 9027; 11518; 14803; 11137; 19795; 7850; 6133; 17941; 13289; 7694; 10756; 18433; 3523; 10754; 3249; 15865; 4301; 7453; 9407; 4212; 2241; 3884; 9563; 14621; 9166; 11121; 8463; 9875; 8763; 11706; 9792; 7663; 6328; 10218; 9206; 9356; 10296; 8330; 7218; 10407; 9546; 12050; 4307; 12033; 27551; 1418; 2039; 4087; 5775; 6567; 8311; 2390; 20650; 6285; 2066; 20072; 12876; 16291; 7555; 5515; 16317; 797; 3147; 4279; 3725; 7446; 10239; 13195; 1175; 3313; 15576; 12780; 605; 8253; 12746; 5440; 6615; 6955; 8171; 8757; 9606; 17404; 19478; 12935; 3770; 13098; 7758; 14752; 4963; 2174; 7369; 5682; 9373; 18268; 3902; 4037; 9039; 14070; 8833; 8124; 8727; 8956; 3058; 6772; 14636; 13834; 2556; 11694; 824; 11683; 10267; 8110; 5832; 10382; 11850; 6784; 15755; 11130; 11152; 6963; 25319; 2951; 6565; 4039; 8216; 6461; 21342; 8730; 8168; 8192; 8676; 21939; 6956; 13545; 13207; 5698; 16018; 7070; 4362; 14313; 20990; 12434; 4945; 4739; 3842; 4484; 5316; 8884; 5674; 8376; 27261; 4668; 13097; 9102; 5594; 8337; 4099; 9143; 8542; 5893; 8335; 7518; 12908; 6388; 8339; 8830; 9116; 6796; 7099; 3966; 2687; 6809; 15779; 9359; 14312; 7815; 2187; 8663; 12320; 4685; 8667; 9322; 5373; 2896; 10918; 23862; 8152; 21313; 3008; 7825; 16470; 26180; 13825; 10527; 9180; 13213; 8417; 6534; 3217; 10097; 18112; 9590; 9048; 16032; 3482; 3818; 6376; 4500; 3200; 39924; 41912; 13865; 4966; 10495; 5934; 18358; 4199; 9699; 6305; 12713; 19576; 12105; 15014; 8465; 15072; 11957; 16465; 36460; 15694; 6379; 10212; 12955; 15685; 8174; 14725; 11153; 10630; 12463; 8352; 8022; 14630; 4091; 3227; 5572; 12927; 1888; 9791; 13436; 11025; 6605; 3823; 9674; 3119; 27626; 5014; 12799; 15872; 15667; 19337; 13345; 8905; 2550; 12384; 8496; 4107; 7167; 3886; 7910; 8290; 14242; 10162; 5927; 13347; 15767; 2105; 2426; 14845; 13818; 12012; 16390; 12145; 11711; 2552; 15681; 9329; 5097; 4782; 10583; 12038; 3235; 3470; 6687; 17291; 32698; 8626; 15100; 4294; 12831; 18171; 8615; 9015; 2742; 12352; 11820; 9151; 12291; 3740; 6811; 7972; 5917; 2927; 4044; 13313; 19260; 6651; 5000; 5808; 16823; 7715; 38111; 3351; 4761; 8791; 9184; 13172; 12686; 4230; 16202; 20656; 26716; 4064; 8576; 1142; 9779; 27900; 3988; 7675; 8793; 533; 14116; 10012; 14368; 9295; 12279; 9725; 5074; 11192; 12784; 10836; 10599; 4703; 12505; 5680; 3969; 12383; 5394; 5465; 4770; 4558; 7192; 8391; 12808; 10757; 13697; 10798; 11991; 9705; 15262; 34706; 7936; 8608; 1742; 15946; 12716; 7007; 9564; 3897; 3929; 29028; 15265; 5580; 9866; 12220; 11285; 6475; 5994; 9037; 13263; 10569; 15812; 3023; 6093; 7942; 4355; 6438; 12665; 6173; 10015; 7742; 10092; 1736; 3588; 4421; 2976; 5548; 2979; 2351; 3984; 20587; 6713; 3791; 6642; 26707; 6903; 3521; 10148; 7543; 9428; 3410; 5186; 4334; 5117; 13440; 13318; 6065; 4720; 7525; 7092; 5298; 8681; 5755; 9249; 13905; 14885; 9836; 1634; 8499; 3092; 4738; 2849; 22055; 14982; 2968; 9274; 3890; 11323; 3065; 10227; 11950; 4892; 5603; 4874; 3497; 12745; 2719; 2648; 8749; 3000; 4555; 6839; 7357; 18998; 7545; 2604; 5055; 5287; 8269; 5259; 5591; 5254; 9077; 4985; 9243; 31028; 11740; 3536; 22648; 7789; 18276; 23564; 38570; 31623; 7999; 6506; 11195; 6627; 6015; 17958; 10320; 2910; 4988; 11891; 6994; 6374; 13370; 9031; 38506; 10033; 4203; 6148; 3026; 2385; 5320; 12432; 11069; 4937; 13309; 11473; 6288; 7969; 7236; 4375; 22930; 13115; 23318; 13021; 5063; 2686; 9729; 9784; 25138; 17798; 17474; 23456; 10526; 4962; 23674; 3738; 8426; 6012; 1391; 4609; 5213; 7771; 8714; 4858; 3038; 9024; 5788; 11480; 5170; 12098; 9733; 5683; 9755; 3315; 7686; 15244; 13848; 5671; 2579; 9886; 10421; 4072; 5294; 7034; 18957; 4356; 4038; 10523; 5319; 13689; 3039; 6611; 12321; 6255; 14738; 12853; 21249; 10512; 22923; 17845; 3232; 5972; 7696; 4152; 10624; 6882; 6236; 6597; 3168; 7474; 9212; 9520; 15614; 9811; 15981; 7064; 19931; 3787; 3110; 13051; 3122; 2464; 1804; 2562; 20105; 18062; 6341; 9145; 10843; 8094; 14380; 12026; 4659; 12537; 16603; 8197; 4524; 8707; 6452; 6496; 6253; 5850; 14731; 7618; 22246; 7914; 7979; 5114; 10584; 10350; 9941; 22177; 47432; 5589; 8164; 17616; 11568; 3620; 21614; 4517; 10648; 7861; 4020; 5576; 6563; 3333; 12733; 6268; 11738; 11360; 13533; 9807; 5111; 3503; 8948; 43101; 8047; 4773; 17704; 8169; 2163; 13667; 8270; 8314; 31424; 5496; 19202; 8610; 13916; 12074; 5659; 11838; 23050; 2482; 18022; 7172; 3338; 3665; 17230; 17053; 3069; 7940; 3636; 5032; 11221; 1876; 3281; 31503; 11113; 5814; 32898; 4752; 3391; 4947; 18850; 8477; 5408; 17954; 5710; 12254; 16368; 11669; 15945; 4371; 12548; 7241; 24641; 8557; 12092; 3920; 4273; 8471; 5735; 4815; 6245; 44544; 3352; 10088; 8395; 4460; 7549; 17137; 12791; 7248; 18088; 24044; 11572; 9771; 4756; 6813; 4458; 12767; 7804; 3041; 5141; 7524; 4313; 2626; 10046; 2077; 4596; 1848; 6853; 8972; 21557; 13706; 7778; 6336; 13150; 11665; 11760; 5792; 10473; 21830; 3408; 11083; 11795; 11136; 15504; 8128; 6897; 20748; 9863; 10910; 5667; 11475; 5209; 11722; 3674; 7261; 16078; 6077; 13255; 1796; 8976; 3451; 1761; 8753; 2450; 11216; 9872; 10306; 18714; 4211; 12183; 9397; 5207; 25029; 4540; 6502; 13881; 8460; 6792; 5981; 23170; 6717; 8350; 14626; 8010; 9317; 13244; 11194; 15839; 6850; 7399; 11457; 10485; 7185; 18999; 15850; 4063; 7085; 4987; 15510; 5839; 21627; 6394; 26591; 5237; 1769; 6998; 13283; 6864; 6244; 1459; 8479; 8652; 7410; 11747; 3456; 3206; 16764; 6482; 27396; 11173; 6001; 10714; 6505; 19597; 10590; 6464; 4071; 12061; 28247; 12255; 4640; 7125; 10099; 6626; 3413; 9850; 6773; 9553; 10636; 16158; 9714; 14077; 7183; 7090; 9821; 7277; 9233; 12182; 8146; 12043; 9749; 11030; 6996; 6281; 19716; 8359; 8969; 4654; 4394; 6964; 2223; 6418; 10256; 10585; 12983; 20976; 9080; 10244; 6510; 2513; 6069; 6701; 4441; 4632; 15124; 11855; 15562; 9056; 11362; 5422; 11635; 2305; 2592; 6594; 10455; 8998; 8824; 7695; 4489; 6630; 6055; 6572; 4695; 9010; 16640; 9073; 19356; 1999; 2972; 22739; 16450; 5513; 12081; 17088; 8783; 4544; 39824; 5498; 11986; 10597; 5535; 13157; 6715; 22142; 6451; 10000; 12059; 6296; 15744; 2471; 16837; 15320; 9096; 1553; 6972; 7154; 12312; 6385; 44320; 17944; 4925; 701; 11003; 9851; 13212; 11138; 25391; 10237; 20631; 18764; 12069; 4440; 15714; 1518; 4674; 17029; 9435; 4573; 3993; 19882; 9309; 6357; 15012; 10432; 21122; 10469; 1889; 2061; 6420; 4120; 25389; 11659; 11799; 5421; 39663; 14321; 12113; 9787; 12966; 7952; 6991; 5052; 7613; 3687; 3486; 10535; 14968; 24942; 8261; 9437; 10263; 9456; 5045; 16955; 5738; 5220; 5916; 8568; 14698; 6153; 6263; 11257; 13996; 7053; 6621; 8903; 31593; 8964; 4775; 1472; 8492; 8494; 12997; 6682; 7452; 9433; 6025; 7316; 13392; 21038; 3376; 5962; 10060; 7642; 9692; 12568; 8634; 34742; 11165; 7729; 9452; 12501; 7203; 7532; 10465; 11564; 14016; 6049; 12754; 5758; 6286; 11885; 8166; 10541; 5299; 2107; 2448; 2380; 7634; 6325; 3276; 10020; 3524; 12322; 14432; 6645; 14604; 12372; 16448; 10120; 5258; 14251; 2692; 8533; 7880; 5611; 11559; 10170; 7507; 7442; 7746; 10134; 8422; 2067; 6240; 3420; 5892; 17382; 6377; 7493; 4142; 8455; 9377; 7719; 8361; 3631; 5732; 26138; 15354; 8322; 8326; 13974; 11550; 12181; 6581; 3585; 6672; 6047; 4469; 4505; 7420; 11177; 15266; 10886; 13394; 14922; 365; 7844; 8017; 6934; 9928; 25587; 8980; 8251; 26357; 2964; 6681; 2217; 18524; 26613; 15753; 2196; 5296; 11872; 6089; 1992; 3146; 2068; 2819; 3590; 8214; 13409; 14786; 4468; 8336; 9228; 4732; 1787; 12996; 7472; 4325; 13993; 34715; 3792; 8902; 25840; 1580; 6666; 8029; 5360; 7207; 14036; 1558; 15776; 4923; 9155; 5389; 5747; 20898; 2090; 8415; 6035; 14656; 13080; 5954; 1233; 3860; 9495; 14694; 12694; 8784; 8445; 6117; 11108; 19690; 11435; 6926; 6137; 14014; 1494; 2151; 3010; 2193; 3670; 5093; 8190; 11442; 8470; 11899; 13131; 14471; 6602; 6463; 12052; 8650; 13397; 5038; 8574; 16006; 5302; 7191; 9652; 15052; 10905; 9221; 9580; 6170; 8252; 14169; 5537; 8155; 12136; 5982; 4800; 10293; 3693; 5824; 12898; 7464; 5243; 9469; 8552; 10560; 13301; 2038; 9363; 3739; 6824; 30495; 6868; 23413; 7651; 9474; 4327; 7014; 26139; 5017; 2684; 23466; 4869; 18713; 6074; 7028; 18077; 12651; 2795; 7358; 8281; 11562; 7467; 12760; 13568; 9895; 5260; 9218; 9778; 8870; 6699; 18832; 4584; 25573; 11067; 2322; 2272; 10295; 9020; 10402; 16129; 6282; 12887; 5413; 7141; 8934; 7171; 1203; 8015; 19803; 2095; 19875; 3219; 7785; 17375; 13721; 7811; 13788; 8864; 6980; 14931; 5355; 5517; 4749; 6714; 4219; 16909; 7698; 6689; 16485; 10063; 23602; 7764; 4680; 8087; 13489; 7550; 9002; 4430; 5965; 11410; 6176; 4918; 5819; 6585; 7168; 6146; 7504; 13976; 13447; 8436; 3671; 3356; 14137; 3809; 11327; 2153; 15781; 9121; 10378; 7078; 9045; 1722; 1743; 8859; 4350; 13348; 6477; 7574; 4110; 12482; 13456; 9047; 8362; 8481; 10503; 6800; 4951; 9706; 4384; 13444; 10292; 413; 8302; 12519; 9695; 5308; 7043; 5540; 8360; 10719; 10230; 5437; 11508; 5011; 8035; 7727; 8179; 9951; 8078; 13209; 14123; 12774; 18204; 18897; 4282; 7238; 13281; 6413; 12755; 1935; 9535; 2570; 4075; 11708; 11869; 7329; 11464; 18671; 10851; 12841; 15689; 16226; 10638; 11763; 198828; 1703; 808; 577; 11350; 11593; 448; 12263; 1977; 3458; 2320; 7534; 949; 971; 989; 512; 999; 1276; 1305; 1408; 1601; 7770; 1913; 263635766; 344930385; 18718; 18425; 14378; 13656; 6971; 14896; 14443; 11624; 480; 354; 600; 676; 1247
Version 1.0
Discipline Basic Biological and Medical Research; Biochemistry; Biology; Chemistry; Construction Engineering and Architecture; Engineering; Engineering Sciences; Life Sciences; Natural Sciences