Hem utilitzat dues aproximacions GWAS diferents per estudiar l’associació entre 50.000 polimorfismes nucleotídics (SNP) i caràcters lleters mesurats en tres lactacions registrades en cabres Murcianes-Granadines. En l'Anàlisi 1, s'han realitzat GWAS independents per a cada caràcter i lactació, mentre que en l'Anàlisi 2 s'ha realitzat un únic GWAS longitudinal, considerant conjuntament totes les dades. Les dades disponibles són els genotipus per 50.000 SNP en 917 cabres Murciano-Granadines i els caràcters (mesurats en 3 lactacions) per la producció lletera (en kg) estandarditzada a 210 dies (MY210), 240 dies (MY240) i 305 dies (MY305), així com els percentatges de greix, proteïna, lactosa i matèria seca de la llet, així com el logaritme natural del recompte de cèl·lules somàtiques dividit per 1000 (SCS, somatic cell score).

We used two different GWAS approaches to study the association between 50,000 nucleotide polymorphisms (SNPs) and dairy characters measured in three lactations recorded in Murcian-Granadine goats. In Analysis 1, independent GWAS were performed for each trait and lactation, while in Analysis 2 a single longitudinal GWAS was performed, considering all data together. The available data are the genotypes for 50,000 SNPs in 917 Murciano-Granadine goats and the characters (measured in 3 lactations) for milk production (in kg) standardized at 210 days (MY210), 240 days (MY240) and 305 days (MY305 ), as well as the percentages of fat, protein, lactose and milk dry matter, as well as the natural logarithm of the somatic cell count divided by 1000 (SCS, somatic cell score).

programari GenomeStudio (Illumina, https://emea.illumina.com)., 2.0.4

programari PLINK (Purcell et al.2007), v1.9

La normalització de dades i l'assignació de genotips es van realitzar amb el programari GenomeStudio 2.0.4 (Illumina, https://emea.illumina.com). Es va utilitzar el programari PLINK v1.9 (Purcell et al.2007) per excloure els SNP no mapejats i no autosòmics, així com aquells amb una taxa d'assignació baixa (<90%), baixa freqüència (<1%) o que es va desviar significativament de l'expectativa de Hardy-Weinberg (P ≤ 1 × 10−5). També s’ha eliminat mostres amb taxes de genotipat inferiors al 90%.