Bioindication diatomées : comparaison microscopie / barcoding ADN. Données brutes Fastq 2016 + 2017, Test des différentes stratégies bioinfo sur données 2016. Projet AFB numéro 15000239 / A30.

DOI

Fichiers fastqrassemble tous les fichier fastq des échantillons de 2016 et 2017 Ils sont numérotés de 1.fastq à 464.fastq La correspondance avec les échantillons est donné dans le fichier Suivi_Mothur_Run_Dreal_2016_2017.xlsxTest des différentes stratégies bioinfo - data 2016.zip>dossier "Free OTU (2016)" stratégie basée sur les séquences filtrées>dossier "OTU DREAL (2016)" stratégie basée sur les OTUs, crées soit avec méthode Furthest neighbor ou méthode Opticlust>dossier "Raw_reads (2016)"stratégie basée sur les séquences brutes

Identifier
DOI https://doi.org/10.15454/9EG5Z4
Metadata Access https://entrepot.recherche.data.gouv.fr/oai?verb=GetRecord&metadataPrefix=oai_datacite&identifier=doi:10.15454/9EG5Z4
Provenance
Creator Rivera, Sinziana; Vasselon, Valentin; Chardon, Cécile; Guéguen, Julie; Bouchez, Agnès; Rimet, Frédéric (ORCID: 0000-0002-5514-869X)
Publisher Recherche Data Gouv
Contributor Rimet, Frederic
Publication Year 2018
Rights etalab 2.0; info:eu-repo/semantics/openAccess; https://spdx.org/licenses/etalab-2.0.html
OpenAccess true
Contact Rimet, Frederic (INRA - Institut National de la Recherche Agronomique)
Representation
Resource Type Dataset
Format text/plain; text/tab-separated-values; application/zip
Size 64800349; 26659069; 21370727; 25311372; 27888589; 29449473; 24573423; 66864749; 26241044; 28437635; 30057136; 32725759; 23325962; 23948295; 29504602; 28354841; 25256373; 28628997; 36640013; 20803943; 30856411; 25254961; 30120160; 25098636; 45537928; 32831654; 27030146; 25990209; 33358749; 46329830; 59994717; 19511957; 24716640; 24820279; 47972114; 31511873; 30380333; 21356497; 68207089; 27192828; 27283455; 19862018; 25976877; 20390887; 27817496; 30379925; 23444177; 21854271; 14336451; 21789300; 32138883; 28406620; 28670952; 11346101; 61920515; 22716195; 11920140; 16398618; 21919868; 33732188; 24706579; 36753212; 27202811; 30716330; 30873718; 27323442; 25141353; 28454958; 32462267; 33746075; 13619151; 14011546; 12458167; 14237927; 13336569; 31107336; 26159386; 15046695; 24228961; 37139854; 22126388; 10845430; 28954436; 35202626; 24918372; 24372068; 26166412; 42560496; 28918103; 28741023; 21588649; 21186681; 18088492; 33388155; 47435518; 39015660; 36622466; 41147026; 31005743; 36978789; 31215180; 21835998; 17697039; 27321160; 17280893; 31653652; 20287929; 32812827; 35092809; 32078463; 20695321; 14682005; 30590402; 16737938; 14319226; 11126653; 27902552; 25054696; 27415930; 28288716; 28824505; 20083807; 12585093; 36854012; 44076395; 24634944; 27096868; 28520817; 23440935; 25370850; 25277687; 32375214; 32209985; 32733531; 30428470; 24831847; 30851170; 28095307; 28218390; 19248155; 25240850; 27706131; 24252676; 28261699; 29055235; 29938497; 21524457; 32168690; 20869581; 22790822; 16698450; 34390011; 17717361; 32456096; 26203999; 24459625; 42286065; 33696029; 33188314; 29594669; 28770504; 31088737; 27252728; 17150267; 28167495; 34753388; 15244817; 31102310; 26662376; 25673859; 30781507; 27570275; 28395192; 29916167; 24210071; 20974770; 22680700; 26085137; 24488754; 28101339; 30987105; 28572793; 21841666; 28042558; 32183017; 15998329; 28848669; 50818619; 28402631; 32563690; 26698509; 30582628; 31883251; 25339118; 33291347; 36386815; 27707161; 28985535; 27142744; 27827819; 31030569; 23479287; 32838976; 30435364; 24910588; 30196631; 28180998; 45059675; 17262199; 75169063; 31131130; 31104615; 32049629; 19137291; 26428698; 39786413; 30223888; 32877140; 34655919; 23401287; 34272165; 21990072; 23588861; 31821597; 35299696; 19223429; 37818446; 31598499; 24746061; 41444224; 22261328; 16172227; 20087167; 16799250; 38776396; 30352420; 25773851; 30090414; 47840284; 40521454; 31679505; 26419240; 30117259; 24828361; 21178042; 32852238; 30150176; 28235366; 26925388; 23042149; 28754229; 20950055; 27496442; 57408983; 25013962; 59467251; 73676145; 45614552; 47366853; 39505809; 36716500; 18248141; 34487953; 38080520; 26287207; 33904524; 28942655; 39684243; 42174947; 17402018; 28861628; 26950202; 36518095; 25548914; 16418508; 28821678; 28739981; 31725950; 14418339; 29841537; 27792240; 5216393; 29339800; 23019500; 29875362; 28418265; 23543456; 45673870; 25704178; 20416371; 24333987; 28619303; 18052153; 34123145; 21902571; 24172388; 14599169; 16388568; 18831653; 6501404; 29271269; 32101069; 26923141; 14264369; 28186121; 5115850; 25428572; 22543633; 34691505; 26997648; 28643083; 34429882; 24788632; 32045401; 20566896; 30772590; 23878815; 17296337; 25453224; 26647730; 18289903; 13460853; 31082693; 26849208; 24728387; 23461534; 32355338; 9589912; 22068419; 21023286; 20731168; 26081128; 21688794; 21051494; 34301186; 23498755; 13770717; 54098606; 77409728; 55472289; 60388817; 51212458; 63334839; 22240336; 51211189; 59214325; 53553760; 58621831; 67370839; 62933155; 81239378; 66298057; 56024166; 59328992; 30593298; 58278761; 55111367; 52696397; 57162094; 72520047; 52112894; 43021269; 32553629; 47641747; 82027105; 27696583; 54620927; 62653570; 75429455; 91672053; 38398053; 58923909; 46152675; 49639405; 27842290; 29546722; 27586109; 15942936; 48893898; 34067265; 25390460; 21092829; 18673326; 38768955; 24566981; 51840959; 27737202; 28449345; 40892337; 26469935; 24848704; 79177265; 25924045; 26510562; 53939785; 64017333; 36254092; 31886202; 29322319; 69755998; 14216739; 35481538; 27940702; 27860777; 22693626; 31886592; 25308125; 21617719; 56396472; 28189895; 68515055; 19661840; 28695538; 25128569; 24201885; 30608092; 25435001; 31377042; 28547236; 25547153; 23107588; 32553466; 31410796; 28754852; 27649972; 62261311; 33307318; 24714004; 29327973; 18237715; 46213770; 28525299; 14692493; 31547376; 27330911; 37456198; 20489258; 28808192; 73345098; 24081614; 23352174; 24040525; 23104409; 36482171; 64221643; 15923066; 28506282; 46612779; 26170076; 35659237; 27105639; 34661541; 28229688; 34527308; 18670282; 28312293; 25963585; 30585483; 31113583; 18255307; 74651581; 27998770; 31134837; 26764285; 32176; 166307289
Version 1.1
Discipline Geosciences; Life Sciences; Ecology; Microbial Ecology and Applied Microbiology; Hydrology and Hydrogeology